Com certeza você já ouviu algum relato evidenciando esta situação. É uma espécie de bug em que as mensagens do WhatsApp não são recebidas, mesmo que as notificações não tenham sido desativadas. Nesse Blog Post, você vai conferir possíveis causas para este problema.
Funcionalidade economia de energia
Esta função geralmente é ativada para poupar bateria durante o uso dos aplicativos. No entanto, isso pode estar desabilitando as notificações do WhatsApp, justamente para cumprir o seu objetivo.
Mensagens em segundo plano
Outra funcionalidade que pode desativar as notificações do app mensageiro é a que habilita o recebimento de mensagens em segundo plano. A sua ativação, geralmente ocorre de modo automático, em casos de atualizações do próprio aparelho.
Bug do próprio WhatsApp
Se o problema não estiver relacionado aos mencionados acima, pode estar ocorrendo um bug no próprio aplicativo. O ideal é desligar o aparelho e aguardar alguns segundos antes de ligar novamente.
Memória cheia
Quando a capacidade de armazenamento do aparelho está próxima de ser atingida, é normal que alguns aplicativos comecem a apresentar falhas, inclusive o WhatsApp. Faça uma limpeza, não apenas nas conversas do app mensageiro, mas nos aplicativos, em geral.
Esperamos que essas dicas possam ser úteis e te ajudem a solucionar o problema.